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生物信息学预测橘皮素治疗结直肠癌核心基因

安徽医科大学学报 2022 02 v.57 229-234     字体:

基金项目: 国家自然科学基金(编号:81672113、62072154)

作者:宋子健;李建伟;胡和智;

关键词:结直肠癌;;橘皮素;;生物信息学;;核心基因

DOI:10.19405/j.cnki.issn1000-1492.2022.02.013

〔摘 要〕 目的通过生物信息学分析筛选橘皮素治疗结直肠癌(CRC)的mRNA核心基因并利用生存分析方法验证mRNA核心基因对CRC的预测效果。方法使用DMSO溶剂和橘皮素处理CRC的HCT116细胞48 h后进行RNA测序。将测序结果进行预处理和差异表达分析。从差异表达基因中筛选lncRNA关键基因,建立相应的lncRNA-miRNA-mRNA调控网络,得到mRNA关键基因。通过基因本体论(GO)分析、京都基因组百科全书(KEGG)通路分析和蛋白质互作网络(PPI)分析,得到mRNA核心基因,并利用生存分析方法对mRNA核心基因进行验证。结果差异表达分析后筛选出197个lncRNA差异表达基因、128个miRNA差异表达基因和1 938个mRNA差异表达基因。利用lncRNA-miRNA-mRNA调控网络筛选得到5个lncRNA关键基因和117个mRNA关键基因。关键基因的GO分析和KEGG通路分析结果表明它们富集在与CRC密切相关的功能和通路上,通过PPI网络分析得到6个mRNA核心基因,采用生存分析方法验证发现其中有3个mRNA核心基因(FOS、CCND2、MXD1)与CRC密切相关。结论通过生物信息学方法分析橘皮素治疗CRC的分子机制,筛选出3个差异表达非常显著且对患者预后影响明显的基因,为CRC的诊断、治疗和预后治疗提供了新思路。