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胃癌顺铂抵抗相关免疫标记基因的富集分析

安徽医科大学学报 2020 02 v.55 200-204     字体:

基金项目: 国家自然科学基金(编号:81874063)

作者:汪圣毅;程彦;李旭升;闫亚飞;张尚鑫;闫强;李永翔;

关键词:胃癌;;化疗抵抗;;基因集富集分析;;基因表达数据库;;免疫标记基因;;预后

DOI:10.19405/j.cnki.issn1000-1492.2020.02.009

〔摘 要〕 目的采用基因集富集分析(GSEA)方法寻找胃癌抵抗顺铂的免疫标记基因(ISGs)。方法用GEO数据库的GSE94714数据集,GEO2R分析差异基因,观察条件筛选对基因数的作用,GSEA纳入耐药、未耐药组胃癌细胞的全部差异表达基因,与分子标签数据库比较,获取ISGs,交集筛选,Kaplan Meier Plotter分析交集基因对胃癌预后的影响。结果差异表达基因共34 183个,其中上调12 452个、下调17 381个,筛选差异倍数的增加使排除基因数增加。GSEA富集到标准化富集评分(NES)排序前6的条目(P<0.01),其中的交集基因包括线粒体核糖体蛋白L12、富含脯氨酸蛋白13、毛状蛋白样F-肌动蛋白结合蛋白1、聚(RC)结合蛋白1、艾杜糖2-硫酸酯酶、LIM结构域2、富含嘌呤元素结合蛋白A、小视觉叶同源物、CCR 4-非转录复合物亚单位3、转化生长因子β1、二酰甘油激酶ζ、接头蛋白2,12个基因与胃癌的总生存时间有关,均具有统计学意义(P<0.05)。结论 GSEA方法可有效获取胃癌顺铂抵抗的ISGs,新发现的基因作为潜在靶点,可促进胃癌化疗抵抗机制的研究。