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基于miRNA-mRNA调控网络的鼻咽癌相关分子机制研究

安徽医科大学学报 2021 08 v.56 1205-1212     字体:

基金项目: 安徽省自然科学基金(编号:1408085MH189);;国家癌症中心攀登基金(编号:NCC201812B037)

作者:郭伟茜;高劲;花蕾;郑先斌;张洋洋;孙斌;陶振超;

关键词:鼻咽癌;;微小核糖核酸;;差异表达基因;;调控网络;;生物信息学

DOI:10.19405/j.cnki.issn1000-1492.2021.08.007

〔摘 要〕 目的通过构建鼻咽癌微小核糖核酸(miRNA)调控网络筛选与鼻咽癌发病相关的分子标志物。方法从基因表达数据库(GEO)数据库下载鼻咽癌miRNA芯片数据GSE70970和基因芯片数据GSE12452,利用R软件筛选出差异表达miRNA和mRNA,并对其进行功能富集分析。应用FunRich软件预测差异miRNA的转录因子及靶基因,将靶基因与差异基因取交集获得核心基因,并通过Cytoscape软件构建miRNA-mRNA调控网络。通过Kaplan-Meier plotter数据库对核心基因进行生存分析。结果一共筛选出47个差异表达miRNA、797个差异表达基因。功能富集分析表明差异表达的miRNA主要参与信号转导、转录调控等过程,差异表达基因主要参与细胞因子受体相互作用、细胞周期、小细胞肺癌等信号通路。靶基因与差异表达基因取交集后筛选出23个核心基因,构建miRNA-mRNA调控网络。生存分析显示其中4个核心基因对鼻咽癌患者的预后有影响,包括多聚磷酸肌醇磷酸酶1(MINPP1)、锌指环指蛋白3(ZNRF3)、纤毛顶结构蛋白(SNTN)、β微管蛋白2A(TUBB2A),其相对应的miRNA分别为hsa-miR-199b-5p、hsa-miR-520e、hsa-miR-107、hsa-miR-421。结论通过构建miRNA-mRNA调控网络同时结合生存分析,筛选鼻咽癌相关的分子标志物,为鼻咽癌诊断、治疗提供潜在的分子靶点。