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LncRNA SNHG9敲除对胶质瘤细胞增殖影响及其作用机制的生物信息学探讨

安徽医科大学学报 2021 03 v.56 342-347     字体:

基金项目: 国家自然科学基金青年项目(编号:81901519);;安徽省自然科学基金青年项目(编号:1908085QH380)

作者:叶静静;陈天兵;

关键词:CRISPR-Cas9;;SNHG9;;胶质瘤;;细胞增殖;;生物信息学分析

DOI:10.19405/j.cnki.issn1000-1492.2021.03.002

〔摘 要〕 目的 利用CRISPR-Cas9结合流式单细胞分选构建lnc RNA SNHG9基因敲除的U251细胞株,检测基因敲除对细胞增殖能力的影响。利用生物信息学分析探讨SNHG9基因发挥功能的可能机制。方法 在SNHG9基因上、下游分别设计一个Cas9作用靶点,将两对单链向导RNA的引物模板退火连接px330-EGFP载体,构建成功的目的质粒共转染U251细胞后,通过流式单细胞分选在96孔板中培养,通过PCR扩增和测序验证筛选得到SNHG9敲除成功的单克隆细胞株并扩大培养。RTCA方法检测SNHG9敲除后细胞增殖能力的改变。利用在线工具分析lnc RNA SNHG9的表达情况,查找共表达基因并进行富集分析。结果 构建成功用于SNHG9敲除的质粒。培养共存活了8个克隆,且得到1株SNHG9成功敲除的细胞株。敲除细胞的增殖能力明显降低(P<0.05)。分析显示SNHG9在胶质母细胞瘤(GBM)组织中高表达,富集分析显示共表达基因主要与线粒体的功能相关。结论 成功建立了SNHG9敲除的克隆细胞株且能抑制U251细胞的增殖,生物信息学分析显示SNHG9可能参与线粒体的功能调控。