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生物信息学预测类风湿关节炎核心基因与互作miRNA

安徽医科大学学报 2020 02 v.55 228-234     字体:

基金项目: 新疆生产建设兵团中青年科技创新领军人才队伍建设(编号:2016BC001)

作者:丁晓;郝颖;王维山;孟德峰;王梦雨;王超;

关键词:类风湿关节炎;;生物信息学;;蛋白互作网;;核心基因;;微小核糖核酸

DOI:10.19405/j.cnki.issn1000-1492.2020.02.014

〔摘 要〕 目的通过生物信息学分析筛选类风湿性关节炎(RA)滑膜炎中相关的核心差异基因与相互作用的微小核糖核酸(miRNA)。方法通过GEO数据库下载基因芯片GSE55235,通过R语言3.5.0筛选出差异表达基因,并通过David在线数据库进行功能富集分析。应用String 10.5、Cytoscape v3.6.1和MCODE插件建立蛋白相互作用网络,筛选出RA发生过程中的核心基因。通过CyTargetLinker预测与核心基因互作的miRNA。结果筛选出605个差异表达基因,其中上调314个,下调291个。其功能主要富集于免疫反应和细胞大分子生物合成和结合等过程。蛋白相互作用网络共有552个节点和5 163条边,筛选出了前4的作用模块和10个核心基因:蛋白酪氨酸磷酸酶受体C型(PTPRC)、血管内皮生长因子α(VEGFα)、纤连蛋白1基因(FN1)、整合素亚基M(ITGAM)、表皮生长因子(EGFR)、CD86、基质金属蛋白酶9(MMP9)、整合素亚基β2(ITGB2)、TYRO蛋白酪氨酸激酶结合蛋白(TYROBP)和MYC。并预测了36个miRNA可与其中3个核心基因靶向性相互作用。结论筛选出的核心基因与相互作用的miRNA可能成为RA潜在治疗的靶点。