〔摘　要〕 目的 探讨人乳头瘤病毒16 (HPV16) E4、L2基因变异及氨基酸变化，分析HPV16的进化特征。方法 从医院收集40例HPV16感染阳性的宫颈脱落细胞样本和40例宫颈组织细胞样本，提取样本的病毒DNA,对40例宫颈脱落细胞的DNA进行HPV16 E4和L2 Sanger测序及对40例宫颈组织细胞DNA高通量测序，构建HPV16 E4和L2基因系统进化树，分析HPV16 E4和L2基因的变异特征。结果 有72个HPV16 E4变异样本，10个核苷酸变异位点(4种错义变异和7种同义变异),74个HPV16 L2变异样本，40个核苷酸变异位点(23种错义变异和18种同义变异)。宫颈癌(CC)中T4177C、A4288C、A4654C变异频率明显高于非宫颈癌，差异有统计学意义(P<0.05)。结论 (1)新疆维吾尔自治区主要流行病毒株为欧洲株，少数为亚洲株。(2) HPV16 L2基因中T4177C、A4288C、A4654C在宫颈癌中的变异频率高于非宫颈癌，且G4181A与亚洲株相关。