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基于ICASSO的乳腺癌基因表达数据可靠特征提取

安徽医科大学学报 2013 10 v.48 1252-1255     字体:

基金项目: 国家自然科学基金(编号:61271446);; 上海市科委青年科技启明星计划(A类)(编号:11QA1402900);; 上海市教委科研创新项目(编号:11YZ141)

作者:孔薇;黄晨曦;牟晓阳;

关键词:乳腺癌;;基因表达谱数据;;独立成分分析;;独立成分可靠性估计

DOI:10.19405/j.cnki.issn1000-1492.2013.10.029

〔摘 要〕 运用独立成分分析(ICA)方法对乳腺癌基因表达谱数据进行特征提取,并采用聚类及可视化的可靠性评估方法(ICASSO)对所提取的独立成分(IC)进行评估和综合可得到与疾病更加密切相关的显著基因。结果显示,通过与乳腺癌发病的相关性分析,选取显著性高的IC分析发现,其100个特征基因当中,经分子生物学实验验证与乳腺癌发病密切相关的基因有35个,在此基础上通过从基因调控网络的角度分析这些特征基因所参与的生物过程,进一步证实了部分生物过程也与乳腺癌发病密切相关。