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基于RNA-seq分析人肝癌耐药细胞BEL-7402/FU的差异表达基因

安徽医科大学学报 2019 03 v.54 342-347     字体:

基金项目: 安徽省科技攻关计划项目(编号:1401045014)

作者:周谢海;张婷;谢刚;崔志华;许杜娟;夏泉;

关键词:肝癌耐药;;RNA-seq技术;;差异表达基因

DOI:10.19405/j.cnki.issn1000-1492.2019.03.002

〔摘 要〕 目的分析调控人肝癌耐药细胞BEL-7402/FU耐药的关键基因和信号通路,进而探讨引起肝癌多药耐药的可能机制,寻找逆转肝癌多药耐药的潜在靶点。方法 TRIzol法提取人肝癌细胞BEL-7402与耐药细胞BEL-7402/FU的总RNA,采用RNA-seq测序技术检测两组细胞的数字基因表达谱并筛选差异表达基因(DEGs),运用生物信息学分析方法对DEGs进行生物通路等富集分析。结果检测到上调的DEGs数为2 899个,下调的DEGs数为3 313个; GO富集及KEGG分析发现涉及的主要生物进程为单生物体过程类别、细胞类别、结合分子功能类别,主要的信号通路为代谢通路等; PPI分析显示,在蛋白互作网络中具有重要作用的基因为TP53、 EGFR、 MAPK8、 BCL2L1、 STAT5A、 STAT5B、ABALON、FYN、CDKN1A、BCL2等。结论肝癌耐药过程涉及到多个基因和通路,这些具有差异的基因和通路或将成为逆转肝癌耐药的靶点。