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基于CRISPR/dCas9-SAM系统筛选胃癌细胞增殖相关基因

安徽医科大学学报 2022 11 v.57 1693-1698     字体:

基金项目: 国家自然科学基金(编号:81773038、32071290)

作者:彭玉;巩琦凡;台福敏;王田田;葛常辉;郑晓飞;秦宜德;付汉江;

关键词:CRISPR/dCas9-SAM系统;;细胞增殖;;胃癌;;长链非编码RNA

DOI:10.19405/j.cnki.issn1000-1492.2022.11.003

〔摘 要〕 目的 利用CRISPR/d Cas9-SAM系统探究影响胃癌细胞AGS增殖相关基因,分析其在胃癌发生发展中的作用。方法 针对胃癌与正常胃组织差异表达的基因设计sgRNA,构建包装后获得慢病毒文库。以该文库感染AGS细胞后不同时间点作为筛选压力,收取第0、7、14天3个时间点的AGS细胞。高通量测序分析感染后不同时间点AGS细胞中sgRNA富集情况,获得与AGS细胞增殖相关差异基因。结果生物信息学显示与0 d组相比,7 d组、14 d组分别获得阴性筛选差异基因42、45个,阳性筛选差异基因59、40个。其中7 d组和14 d组中阴性筛选和阳性筛选共有的基因各11个。结论 筛选获得11个抑制AGS细胞增殖的基因,其中5个为蛋白编码基因,6个为长链非编码RNA(lncRNA)基因;筛选获得11个促进AGS细胞增殖的候选基因,其中3个为蛋白编码基因,8个为lncRNA基因。为进一步功能验证、全面解析胃癌发生发展过程奠定基础。