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无乳链球菌cfb完全缺失导致荧光定量PCR检测假阴性及分子机制

安徽医科大学学报     字体:

基金项目: 国家自然科学基金项目(编号:82102460);安徽医科大学校科研基金(编号:2021xkj050);

作者:王秀;冷贵云;杨韵司;唐伟;周强;姚杰

关键词:无乳链球菌;荧光定量PCR;基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱;cfb;全基因测序;多位点序列分型;

DOI:专辑:医药卫生科技

〔摘 要〕 目的 评估基于CAMP因子基因(cfb)的荧光定量PCR(qPCR)检测无乳链球菌出现假阴性的原因,并深入分析其分子机制。方法 收集76例阴道分泌物标本,分别采用靶向cfb的qPCR法和细菌培养法进行检测。对4例qPCR阴性但培养阳性的可疑菌株,通过基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)、乳胶凝集抗原检测和CAMP试验进行鉴定;利用MGI DNBSEQ-T7和Nanopore-PromethION 48测序平台进行全基因组分析;基于16S rRNA基因构建系统发育树和环形进化树进行菌株确认;进行多位点序列分型(MLST);基于拼接序列和原始数据,对cfb序列进行比对分析;设计cfb特异性引物进行全长扩增及琼脂糖凝胶电泳验证。结果 4株可疑菌株经MALDI-TOF MS、抗原检测及16S rRNA基因分析均确认为无乳链球菌,MLST分型均为ST862型。CAMP试验阴性,全基因组序列比对未发现cfb或其同源序列,cfb特异性PCR扩增无产物,分子层面确认cfb完全缺失。结论 无乳链球菌cfb的完全缺失是导致基于该靶标的qPCR检测假阴性的分子机制。提示以单一cfb为靶标的qPCR检测存在局限性,可能影响临床诊断和治疗决策,需引起重视。