基金项目: 安徽省高校自然科学研究项目(编号:2023AH010084);合肥综合性国家科学中心大健康研究院职业医学与健康联合研究中心开放基金重大项目(编号:OMH-2023-07);
作者:胡润林;吴文涌
关键词:NETosis;细胞死亡;胃癌;长链非编码RNA;预后模型;肿瘤预后;
DOI:专辑:医药卫生科技
〔摘 要〕 目的用NETosis相关长链非编码RNA(LncRNA)构建胃癌的预后模型,并探究其在胃癌中的表达及作用。方法通过TCGA数据库获取胃癌患者数据,利用Genecard数据库获得85种与NETosis相关的基因,并通过Pearson相关分析筛选出与NETosis相关的LncRNA。构建1个基于LncRNA的预后模型,并通过生存分析、ROC曲线、C-index和列线图评估模型的预测效果,同时探讨高低风险组在基因集富集分析的差异。此外,利用RT-qPCR实验验证胃癌患者LncRNA的表达差异,利用CCLE数据库探究LncRNA在不同肿瘤细胞系中的表达情况。结果利用12个LncRNA构建了胃癌的风险预后模型,根据风险评分,在不同数据集里,将样本数据分别划分为高风险组和低风险组。验证结果显示,高风险组的生存预后差于低风险组,风险预后模型预测能力优秀可靠(AUC=0.758,95%CI:0.688~0.828)。基因富集分析的结果显示,高风险组富集了与炎症进展高相关的基因集,而低风险组富集了与DNA正常发挥功能高相关的基因集。RT-qPCR检测的LncRNA在肿瘤组织和癌旁正常组织的表达存在差异(P<0.001)。通过CCLE数据库探究发现LncRNA的表达在不同肿瘤细胞系中存在较大差异。结论通过12种LncRNA构建的预后模型可以用来评估胃癌患者的预后以及免疫情况,基因的富集分析可为NETosis的后续机制研究提供思路,LncRNA在胃癌患者癌症组织和正常组织的差异表达以及LncRNA在不同肿瘤细胞系的差异表达,可为新的亚型分型及治疗提供思路。