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DCX 过表达胶质瘤细胞中差异基因的生物信息学分析

安徽医科大学学报     字体:

基金项目: 国家自然科学基金项目(编号:82273250);

作者:周玲欣;Iqra;Nadeem;秦玉侠;熊晔

关键词:胶质瘤;双皮质素;差异表达基因;生物信息学;富集分析;转录组测序;

DOI:专辑:医药卫生科技

〔摘 要〕 目的 探究双皮质素(DCX)在神经胶质瘤中的作用机制,筛选 DCX 过表达相关差异基因,为胶质瘤靶向治疗提供新靶点。方法 以大鼠胶质瘤细胞 C6 为靶细胞,构建 LV-DCX-EGFP、LV-Cas9-Puro 和 LV-Ctrl-EGFP 慢病毒,经Cas9双载体系统转染、筛选建立 DCX 过表达及对照C6细胞系。利用转录组测序获取差异基因表达谱,通过 iDEP、DESeq2 筛选差异基因(|log2FC|>2,P<0.05);运用 STRING、Cytoscape 构建蛋白互作网络并筛选关键基因;借助 DAVID 进行 GO 功能富集分析;利用 BUSCA 及UniProt分析关键基因亚细胞定位;绘制 ROC 曲线验证关键基因诊断价值;通过 Enrichr 预测转录因子及 miRNA 调控网络;采用RT-qPCR验证关键基因表达。结果 筛选得到 45 个上调、47 个下调差异基因,明确 POU2F3 等 6 个上调及 UBB 等 5 个下调关键基因。GO 功能富集显示,上调基因参与脂质生物合成的正调节等过程,下调基因涉及碱性磷酸酶活性调节等功能。关键基因主要分布在细胞核和胞质中。除 RPS17 外 AUC 值均>0.7,具有良好的诊断价值。RT-qPCR 验证部分上调基因POU2F3、LPAR6、SREBF1 mRNA表达显著升高(P<0.001),部分下调基因UBB、ACTB、UBE2I mRNA表达也显著升高(P<0.001),这种差异可能与转录及转录后调控相关。结论 成功筛选胶质瘤中 DCX 过表达相关差异基因及其调控网络,为揭示 DCX 在胶质瘤发展中的作用机制提供理论依据,为潜在治疗策略开发奠定基础。